V roce 1992, kdy klubu hrozil bankrot, Viktorii kupuje podnikatel Vratislav Čekan. Ten odkupuje od Slušovic práva na účast v ČMFL a klub posiluje kvalitními hráči. Hned v další sezoně Viktoria snadno postupuje do první ligy. V sezoně 1993/1994 dosáhl tým na osmé místo, ale navíc se mu podařilo zvítězit na pokutové kopy nad Spartou ve finále Českého poháru. V dalším ročníku sahá tým po obhajobě vítězství v poháru. Ve finále však podlehl Hradci Králové také na penalty. V létě 1996 se Čekan dostal do finančních potíží a klub prodal.

Největší novodobé úspěchy i skandály jsou spojeny s působením manažera Ivana Horníka. V sezoně 2000/2001 porazila Viktoria ve finále poháru po prodloužení Spartu 2:1. V ligovém ročníku 2001/02 přišla o titul až v posledních minutách utkání závěrečného kola proti Slavii a nakonec obsadila 3. místo. Stejný úspěch zopakovala i v dalším ročníku. O rok později, v sezóně 2003/04 Viktoria sestoupila do druhé ligy. Následně propukla korupční aféra. Jedním z hlavních aktérů byl manažer Ivan Horník a Viktorii bylo po prokázání úplatků odečteno od startu dalšího ročníku druhé ligy 12 bodů. Spolu s tím přišla i obměna kádru a nově vedení klubu. V sezoně 2007/08 se klub vrátil do nejvyšší soutěže, kde však pobyl jen dva ročníky a sestoupil do 2. nejvyšší soutěže. V ročníku 2010/11 vybojoval klub Gambrinus ligu, ale po roce sestoupil a nadále hrál 2. ligu.

V sezóně 2014/15 vyvrcholilo dlouholeté zadlužení, které mimochodem znamenalo i chvilkový bojkot hráčů kvůli několikaměsíčním nevyplaceným výplatám. Následně se k požadavku o splacení dluhu přihlásila radnice městské části Praha 3, které Viktorka dluží za nájem stadionu 900 000 korun. S čímž souvisí i pozdější hrozba ztráty vlastního stadionu. I přes to se klubu podařilo skončit na 4. místě, pár bodů od postupu do nejvyšší soutěže. Ovšem 18. června 2015 klub přišel o druholigovou licenci, vedení klubu vše přijalo a následně oznámilo, že musí čekat na majitele klubu a jeho následné rozhodnutí v jaké soutěži bude klub hrát v následující sezóně 2015/16.V této sezóně nakonec hrál ČFL, kde skončil na 3. místě a poté, co první SK Viktorie Jirny odmítly postup a druhé SK Zápy nedostaly licenci, se vrátil do 2. ligy.

A to už jsme tady a teď…přejme Viktorii další slavnou kapitolu historie. Budeme jí tvořit společně. VIKTORKA ŽIŽKOV!

Zdroje: Bureš, P. – Plichta, J.: Sport a tělesná kultura v Čsl. republice a cizině. Praha 1931, 25 let Viktorie Žižkov. 1903 – 1928. Praha 1928, Jenšík, M. – Boreček, V.: FK Viktoria Žižkov. 1903 – 2003. Praha 2003, Malá encyklopedie fotbalu. Praha 1984, Petrů, K.: Dějiny československé kopané. Praha 1946, 70 let S. K. Viktoria Žižkov 1903 – 1973. Jubilejní almanach. Praha 1973, Wikipedie